Нью-Йорк изнывает под страхом новой атаки преступного клана «Фут». Эта банда во главе с Шреддером пытается подчинить себе весь город, и вскоре ей удается это сделать.
В то время как многие жители боятся лишний раз покидать дома в темное время суток, бесстрашная репортер Эйприл О’Нил ищет улики против зловещего клана. И однажды вечером она становится свидетельницей ограбления порта, но не успевает снять на камеру происходящее. Вскоре она выяснит, что нашла нечто более интересное для нового сюжета, новых героев – черепашек-ниндзя и их учителя Сплинтера.