Черепашки-ниндзя стали настоящими защитниками города, но все еще скрываются от людей. В прошлый раз они спасли Нью-Йорк от темных намерений Шредера, но враг готовится взять реванш.
Узнав о предстоящем побеге Шредера, Эйприл О’Нил спешит сообщить об этом братьям. Но в решающий момент с помощью парочки агрессивных наемников и телепорта злодей все же сбегает. Оказавшись в межпространственной крепости, принадлежащей пришельцу Коммандеру Крэнгу, Шредер получает новое задание. Отныне беглец становится серьезной угрозой для города и всех его жителей.