Жестокая правда об иллюзорности правильного пути и ложности устоявшихся верований ввела Морфеуса в глубокую депрессию. В то же время Нео и Бэйн находятся в коме, за пределами Матрицы. Ситуация осложняется еще тем, что Нео попал в ловушку и оказался между двух миров: реальным, где люди из последних сил сражаются с новыми наступлениями машин, и фантастическим миром Матрицы.
На помощь Нео приходят его друзья, которые освобождают его из тоннеля. Найдя предсказательницу Пифию, Нео узнает важную информацию, которая может помочь ему в борьбе против машин.