Единственный город, населенный людьми, находится в большой опасности. Чтобы добраться Зиона, машины начали делать подкопы сквозь землю. Поступает приказ готовиться к защите города от предстоящего нападения. Будучи уверенным, что в ближайшее время Пифия свяжется с Нео, Морфеус не торопится исполнять волю командора Лока.
Тем временем каждую ночь Нео видит один и тот же кошмарный сон, в котором погибает Тринити. Своим пророчеством Пифия должна расставить все на свои места. Однако в момент тайной встречи с предсказательницей появляется Смит и несколько его клонов. Ожидается серьезное сражение.