По приказу мнимого президента Соединенных Штатов на очередное спецзадание отправляется команда лучших бойцов из G.I. Joe. После успешного выполнения миссии, парни оказываются в ловушке, подстроенной Зартаном, прикинувшимся главой государства. Всю команду расстреливают, а их базу взрывают. Выжить удается только Роудблоку, Флинту и Леди Джей.
Тем временем Сторм Шэдоу и Файрфлай освобождают из тюрьмы Командира Кобры. Троица из G.I. Joe возвращается в Штаты, чтобы создать новую базу. Также им предстоит разоблачить Зартана и спасти настоящего президента.